Là cháu trai của tổng thống William Henry Harrison và là chắt của Benjamin Harrison V, Benjamin sinh ngày 20 tháng 8 năm 1833 tại North Bend, Ohio, là con thứ hai trong gia đình 8 anh em có bố là John Scott Harrison và mẹ là Elizabeth Ramsey Irwin. Ông học trường Đại học Miami tại Oxford, Ohio, và trở thành thành viên của hội học sinh Phi Delta Theta (sau này, ông gia nhập Delta Chi) và tốt nghiệp đại học năm 1852. Harrison học luật ở Cincinnati, rồi sau đó chuyển tới Indianapolis, Indiana năm 1854. Ông được nhận vào làm luật sư, và sau đó làm việc tại tòa án tối cao bang Indiana.

Ngày 20 tháng 10 năm 1853, Harrison khi đó 20 tuổi, kết hôn với Caroline Lavinia Scott, 21 tuổi, tại Oxford, Ohio. Đám cưới được tổ chức bởi bố ông, Mục sư John W. Scott. Họ sau đó có hai người con là Russell Benjamin Harrison (12 tháng 8 năm 1854 - 13 tháng 12 năm 1936) và Mary "Mamie" Scott Harrison McKee (3 tháng 4 năm 1858 - 28 tháng 10 năm 1930).

Harrison phục vụ cho đội quân miền Bắc trong Nội chiến Hoa Kỳ và sau đó được phong lên chức đại tá thứ 70 của trung đoàn bộ binh tình nguyện Indiana vào tháng 8 năm 1862. Đội đã phải làm nhiệm vụ do thám và bảo vệ đường tàu xe lửa tại Kentucky và Tennessee cho đến tận chiến dịch Atlanta của William Tecumseh Sherman diễn ra năm 1864. Harrison được phong lên chức tướng lữ đoàn trưởng, chỉ huy một lữ đoàn tại Resaca, Cassville, New Hope Church, Lost Mountain, núi Kennesaw, Marietta, nhánh sông Peachtree và Atlanta. Sau đó ông được chuyển tới quân đội Cumberland và tham gia vào cuộc bao vây Nashville và cuộc duyệt binh lớn tại Washington D.C. trước khi tập hợp năm 1865.